Landskapsregeringen ansvarar för genomförande av eller är samarbetspart i en rad program med finansiering från Europeiska struktur- och investeringsfonderna där åländska företag, föreningar, myndigheter med flera kan söka finansiering för t.ex. egna aktiviteter eller samarbete.
Nuvarande programperiod sträcker sig över åren 2014-2020 och de program som näringsavdelningen förvaltar eller arbetar med är:
- Landsbygdsutvecklingsprogrammet
- Europeiska havs- och fiskerifonden
- Ålands strukturfondsprogram Entreprenörskap och kompetens
- Interreg-programmet Cental Baltic 2014-2020
